У крошечного рачка геном маленький, но очень необычный. У него много генов, которые отвечают на состояние окружающей среды. Ученые полагают, что из дафнии можно сделать генный сенсор на загрязнения.
статья в Science. С одной стороны, у дафнии очень маленький геном – его размер составляет всего 200 Мб (200 миллионов пар оснований). С другой стороны, он содержит очень много генов – ученые насчитали почти 31 тысячу. Для сравнения, геном человека размером около 3 миллиардов пар оснований содержит, по разным оценкам, от 23 до 28 тысяч генов.
Геном миниатюрного пресноводного рачка дафнии (Daphnia pulex), секвенированием и анализом которого занималась большая международная команда, преподнес исследователям несколько сюрпризов. Им посвященаМеждународный консорциум по расшифровке генома дафнии (Daphnia Genomics Consortium) возглавили Центр геномики и биоинформатики Университета штата Индиана в Блумингтоне (Indiana University Bloomington) и Объединенный институт генома Министерства энергетики (Department of Energy's Joint Genome Institute, DOE JGI) в Калифорнии. С проектом можно ознакомиться на сайте.
«У дафнии оказалось больше генов, чем у человека, и больше, чем у любого животного, геном которых прочитан на сегодняшний день», — говорит Игорь Григорьев, руководитель группы генома эукариот DOE JGI. Анализируя результаты, ученые поняли, в чем причина такого несоответствия между размером ДНК и числом генов. «У дафнии так много генов, потому что большая их часть представлена несколькими копиями, — объясняет Джон Колборн (John Colbourne), лидер проекта и директор геномного центра Университета штата Индиана. – Число копий генов у дафнии примерно втрое выше, чем у других беспозвоночных, и на 30% выше, чем у человека».
На примере дафнии ученые впервые увидели, что копии одного и того же гена изменяются и начинают выполнять разные функции. Исследователи предполагают, что сначала копии кодируют те же самые белки, что и оригиналы, но затем дубли довольно быстро мутируют и начинают производить другие белки.
Нашелся ответ и на вопрос, почему геном дафнии так компактен. Оказалось, у нее очень короткие интроны – части ДНК, не несущие информации о строении белка. Из ее генома словно выжато все лишнее.
Более трети кодирующих белки генов у дафнии уникальны — ученые до сих пор не находили таких генов в живых организмах. Большая часть новых генов оказалась связана с экологическими функциями – с приспособлением дафнии к окружающей среде.
Дафния интересна биологам тем, что она играет важную роль в пресноводных экосистемах. На ней держится пищевая цепочка, так как рачок служит кормом рыбам и другим организмам. Дафнии очень хорошо приспособлены к среде обитания и отвечают на изменения условий среды изменением своего метаболизма, поведения и цикла развития. Название рачок получил в честь древнегреческой нимфы Дафны – девственницы, так как в определенных условиях дафния переходит от полового размножения к клонированию женских особей.
Дафния – точный индикатор состояния окружающей среды. Если она чувствует себя плохо или начинает изменяться, налицо химическое загрязнение водоема. В лаборатории на основе дафний созданы тест-системы для определения уровня загрязнения воды.
Такие свойства делают дафнию перспективным модельным организмом в новой области – геномике среды (Environmental Genomics), считают ученые. На ней можно будет изучать, как гены взаимодействуют со средой. Она может стать не просто индикатором, но генным индикатором на загрязнения. Дафния – хороший сенсор, так как экспрессия многих ее генов изменяется в зависимости от состава окружающей среды. Поскольку женские особи, размножающиеся клонированием, содержат один и то же набор генов, помещая какие-то из них в воду с загрязнителем, а другие в чистую воду, можно получить генный ответ на этот загрязнитель.
Такой сенсор, как можно ожидать, найдет применение в экологии и медицине для охраны здоровья человека. Эти перспективы выглядят реальными, потому что из всех изученных беспозвоночных дафния разделяет с человеком больше всего генов.
Дафния — первое ракообразное, геном которого биологи секвенировали. Сравнение его с уже прочитанными геномами дрозофилы и медоносной пчелы позволит биологам проследить эволюцию членистоногих.
Источник: Infox.ru
Чтобы зафиксировать в массе зоопланктона перемещения отдельной особи, шведские экологи буквально подковали водяную блоху.
Биологи обычно не затрудняются с наблюдениями за миграцией животных. В этом им помогают разнообразные устройства — от радиодатчиков (которые можно прикрепить, допустим, на панцирь черепахи) до систем спутникового слежения.
А вот поведение самого массового «вида» животных, от которого, без преувеличения, зависит жизнь на Земле, остаётся для исследователей недостижимой областью. Мы говорим о зоопланктоне, который движется в толще воды и остаётся за пределами досягаемости современных технологий. Да, гидролокатор способен «вести» перемещения многомиллиардных масс микроскопических организмов, но как уследить за отдельной особью?
Статья экологов из Лундского университета, опубликованная в сетевом журнале PloS One, предлагает изящное решение — метод квантовых точек. Эти наночастицы, которые флуоресцируют при попадании на них света, прикрепляются к карапаксу водяной блохи (она же дафния, Daphnia magna). Всё! Остаётся лишь следить за передвижениями особи.
Впрочем, технология хоть и остроумна, но несовершенна. Чтобы квантовая точка засветилась, возбуждающий её источник должен быть поблизости — в нескольких дюймах, так что эксперимент выполним пока только в лабораторных масштабах. Имеет значение и чувствительность камеры, воспринимающей свечение квантовой точки, но в открытом водоёме дафния может уплыть из поля зрения камеры в течение нескольких часов. Наконец, во время линьки животное скидывает карапакс (вместе с квантовой точкой!), и происходит это раз в два дня.
И всё же предложенная шведами методика небезнадёжна. Квантовая точка позволяет биологам хотя бы ненамного, но приблизиться к вопросам, которые ранее даже не поднимались ввиду заведомой их неразрешимости. Как движутся эти микроорганизмы? Ищут ли они целенаправленно еду? Убегают ли от хищников?..
Узнав, как и зачем плавает отдельная особь, экологи смогут решить вопросы, связанные с поведением зоопланктонных масс в ответ на глобальные трансформации окружающей среды — например, изменения кислотности воды и температуры или попадание популяции под озоновую дыру. И нет нужды подробно объяснять, как тайны планктонных миграций помогут в изучении поведения наших старых и милых знакомых — рыб, птиц, морских черепах и белых мишек...
Источник: КОМПЬЮЛЕНТА
27-08-2015 Просмотров:6561 Новости Зоологии Антоненко Андрей
Международный коллектив ученых, в который входили сотрудники Центра геномной биоинформатики СПбГУ Клаус Петер-Кепфли (Klaus-Peter Koepfli), Андрей Юрченко, Павел Добрынин, Алексей Макунин и Стефан О'Брайен (Stephen J. O'Brien) выделил африканского шакала...
11-06-2013 Просмотров:10483 Новости Палеонтологии Антоненко Андрей
Первый относительно полный скелет мелового плезиозавра обнаружили палеонтологи в марокканской фосфоритной шахте. Теперь ученые смогут лучше представить себе животный мир Африки накануне великого мел-палеогенового вымирания. Плезиозавр Zarafasaura oceanis Плезиозавры – довольно...
12-03-2015 Просмотров:7132 Новости Экологии Антоненко Андрей
В морях и океанах Земли обитает 228 тыс. 450 видов различных живых организмов. Недавно открытый в Эквадоре новый вид лягуек К такому выводу пришел международный коллектив ученых, занимающихся составлением так называемого Всемирного...
25-02-2021 Просмотров:2064 Новости Палеонтологии Антоненко Андрей
Детальные исследования окаменелости из Венгрии, которую первоначально считали древней каракатицей, показали, что на самом деле отпечатки принадлежат представителю семейства кальмаров-вампиров. Возраст окаменелости составляет 23-34 миллиона лет, и это первая находка,...
03-03-2016 Просмотров:6244 Новости Зоологии Антоненко Андрей
Стрекоза вида Pantala flavescens оказалась наиболее крепким и выносливым среди летающих животных планеты. Ученые выяснили, что эти насекомые способны пересекать океаны, пролетая тысячи километров над водой. Свое исследование они представили...
Оглавление 1. Введение 2. Появление и эволюция растений 3. Разнообразие растений 4. Строение растений 5. Размножение растений 6. Питание растений 1. Введение Рис. 1.1. Царство растений.Расте́ния (лат. Plantae или лат. Vegetabilia рис. 1.1) — одна из основных групп многоклеточных организмов, включающая в себя в…
-Мы изучили их спектральную чувствительность, а это означает, что они видят цвета света, но не имеют цветового зрения, - говорит ведущий автор исследования Андерс Гарм, адъюнкт-профессор кафедры биологии в Университете…
Останки динозавра, найденные в американском штате Нью-Мексико, противоречат традиционным представлениям о том, что эпоха гигантских ящеров завершилась 65,5–66 млн лет назад. Ларри Хэман и изученный образец (фото University of Alberta) Исследователи…
Новые расчеты, публикуемые журналом The American Naturalist, позволили исправить давнюю ошибку. На нашей планете, оказывается, живет не несколько десятков миллионов видов живых организмов, а «лишь» несколько миллионов. Столь крупная ошибка…
Считается, что хлоропласты — фотосинтетические органеллы растений и водорослей — возникли в результате симбиоза: когда-то давным-давно нефотосинтезирующие клетки предоставили внутри себя убежище фотосинтезирующим. Постепенно фотосинтетики, поселившиеся внутри, упростились и превратились…
Британские ученые выяснили, что Земля 720-640 тысяч лет назад представляла собой не замороженный "снежок", как считают геологи сегодня, а была похожа Европу и Энцелад, спутники Юпитера и Сатурна с их подледными океанами и вулканами, говорится в статье, опубликованной…
Ученые нашли в Испании останки экзотических родичей жирафов, обладавших тремя рогами, похожими по своей форме на прическу королевы Амидалы из "Звездных Войн" Джорджа Лукаса, саблеобразными "клыками" и рядом других необычных черт, говорится в статье, опубликованной…
Побережья арктических морей стали активно разрушаться. В среднем, по подсчетам ученых, берега отступают со скоростью 50 см в год. А на Аляске скорость разрушения достигла 8,4 метра в год. Арктика –…
Широколобка песчаная - Paracottus kessleri Представители семейства являются коренными обитателями оз. Байкал, впоследствии проникли в Братское водохранилище, а уже оттуда в Ангару. В настоящее время встречаются в нижнем течении…